Barbara Opolska-Bogusz*, Marek Sanak**, Bożena Turowska*
Wariant genetyczny w locus TH01 w populacji Polski Południowej
Genetic Variation at STR-TH01 locus in the South Polish population
* Z Katedry i Zakładu Medycyny Sądowej CMUJ w Krakowie
Kierownik: dr hab. F. Trela - profesor UJ
** Z Katedry Chorób Wewnętrznych CMUJ w Krakowie
Kierownik: prof.dr hab. A. Szczeklik
W pracy opisano genetyczny wariant TH01 10.3, który został wykazany przy użyciu
do amplifikacji DNA zestawu Amp FISTR SGM Plus i zidentyfikowany przy zastosowaniu
elektroforezy płytowej na automatycznym sekwenatorze ABI Prism 377 oraz programu
komputerowego ABI Prism Genotyper 2.5.
We report on a rare allelic variant of the TH01 STR locus. Within this commonly
used tetranucleotide repeat system, we identified and characterized by denaturating
gel electrophoresis an allele of the size corresponding to 10.3 repeats, analogous
to the most common 9.3 allele. The novel allele segregated from a putative father
to the child in a paternity case. We discuss the advantage of high resolution
second generation multiplex systems (SGM) using internal size standards during
electrophoresis.
Słowa kluczowe: wariant TH01 10.3
Key words: genetic variation TH01 10.3
Od kilku lat w Zakładzie Medycyny Sądowej w Krakowie przeprowadza się badania
w sprawach o ustalenie ojcostwa wykorzystując analizę DNA w różnym zakresie
i stosując różne metody. Badano kilka STR loci w tym każdorazowo oznaczano allele
TH01. Początkowo po wyizolowaniu DNA z próbek krwi i po odpowiedniej amplifikacji
prowadzono rozdział elektroforetyczny na żelach poliakrylamidowych stosując
aparat S.A 32 Elektroforesis Apparatus (BRL, Gaithersberg USA) i barwienie metodą
srebrzenia z azotanem srebra. Natomiast od 2 lat stosowano frakcjonowanie systemów
wchodzących w skład multiplexu Amp FISTR SGM Plus firmy AB Applied Biosystems
z wykorzystaniem automatycznego sekwenatora ABI Orism 377. Dokładny opis metod
został podany we wcześniejszych publikacjach (1,2).Ogólna liczba badanych próbek
krwi pochodzących od mężczyzn pozwanych o ojcostwo i biologicznych matek dzieci
objętych procesem sądowym - badanych przy zastosowaniu elektroforezy wertykalnej
(1180 próbek) i z użyciem automatycznego sekwenatora (486 próbek) wynosiła 1666
próbek. W każdym przypadku badany był system TH01. Stwierdzono wszystkie powszechnie
wykazywane allele tj. TH01 5, 6, 7, 8, 9, 9.3, i 10 (1).W jednej z badanych
spraw nr 544/2001 o ustalenie ojcostwa u mężczyzny pozwanego o ojcostwo nr 636
i dziecka nr 637 stwierdzono wariantowy allel TH01 10.3. Określenie nazwy allela
zostało przyporządkowane na podstawie porównania z drabiną alleli z wykorzystaniem
programu komputerowego ABI Prism Genotyper 2.5 oceniającego długości badanych
fragmentów DNA (Ryc. 1).
Ryc. 1. Zapis genotypowania układu TH01 (fluoregram) u pozwanego mężczyzny
(środek) oraz dziecka (dół). W górnej linii wzorzec alleliczny dla układu TH01.
Skala zapisu w parach zasad nukleotydowych.
Fig. 1. A genotypic (fluoregram) of the putative father (middle), the child
(lower) of TH01 polymorphism. An allelic ladder in the upper line. The scale
is in base pais.
Przy zastosowaniu metody elektroforezy wertykalnej widoczny po barwieniu
prążek DNA mieścił się - w porównaniu z drabiną alleli - pomiędzy allelem TH01
10 a TH01 11. Przy użyciu tej metody nie można było dokładnie ustalić nazwę
wariantowego allela. Allele TH01 10.3 występowały - zarówno u pozwanego, jak
i u dziecka jako heterozygoty TH01 9.3-10.3.W dostępnym piśmiennictwie nie stwierdziliśmy
przypadku wykazania wariantu TH01 10.3 w żadnej z badanych populacji świata
PIŚMIENNICTWO
1. Turowska B., Sanak M.: Badania częstości alleli niektórych częstości typu
STR w populacji Polski Południowej. Arch. Med. Sąd. Krym., 1998, 48, 2, 97-102.
-2. Turowska B., Sanak M., Opolska-Bogusz B.: Wstępne badania populacji Polski
Południowej w zakresie 10 STR loci z zestawu Amp FISTR SGM Plus. Arch. Med.
Sąd. Krym. 2001, 51, 2, 93-96.
Adres pierwszego autora:
Katedra i Zakład Medycyny Sądowej CM UJ
31-531 Kraków
ul. Grzegórzecka 16
Print
