Grażyna Kostrzewa1, Magdalena Konarzewska1, Witold Pepiński2
Zastosowanie techniki massively parallel sequencing (MPS) w analizie ojcostwa – opis przypadku
Application of massively parallel sequencing (MPS) in paternity testing – case report
1Zakład Medycyny Sądowej, Warszawski Uniwersytet Medyczny, Polska
2Zakład Medycyny Sądowej, Uniwersytet Medyczny w Białymstoku, Polska
1Department of Forensic Medicine, Medical University of Warsaw, Poland
2Department of Forensic Medicine, Medical University of Bialystok, Poland
Streszczenie
Cel pracy: W pracy opisano przykład zastosowania techniki MPS (massively parallel sequencing) w celu poszerzenia
zakresu analizy spornego ojcostwa.
Materiał i metody: Przy użyciu analizatora genetycznego 3130xl wykonano standardowy test ojcostwa obejmujący 16
markerów autosomalnych. Dodatkowo przeprowadzono badanie zestawem ForenSeq DNA Signature Prep Kit przy
użyciu analizatora Illumina MiSeq FGx™ Forensic Genomics System. Obliczenia indeksu ojcostwa (PI) wykonano,
stosując program DNAStat v.2.1.
Wyniki: W badaniu 16 markerów autosomalnych ujawniono obecność dwóch niezgodności (D21S11, VWA) dla pary
pozwany – dziecko. Na podstawie wyników MPS przeanalizowano wymienione niezgodności, dla pary matka – dziecko
ujawniono sekwencję nonconsensus allela 14 locus VWA, u dziecka w locus D3S1358 stwierdzono różnice sekwencji
alleli homozygoty 16-16.
Wnioski: Analiza MPS pozwoliła na sformułowanie rozstrzygającego wniosku odnośnie do ojcostwa pozwanego oraz
uzyskanie pełnej informacji o polimorfizmie wewnątrzallelicznym.
Słowa kluczowe: DNA, analiza ojcostwa, MiSeq FGx™, polimorfizm wewnątrzalliczny.
Abstract
Aim of the study: We present the application of massively parallel sequencing (MPS) to extend the scope of analysis
in a disputed paternity case.
Material and methods: A standard paternity test comprising 16 autosomal STRs was performed by capillary electrophoresis
(CE) using 3130xl Genetic Analyzer. Additionally, MPS was performed with ForenSeq DNA Signature Prep
Kit and Illumina MiSeq FGx™ Forensic Genomics System. Paternity index (PI) was calculated using DNAStat v.2.1
software.
Results: CE revealed two mismatches, at D21S11 and VWA, between the putative father and the child. Based on MPS
results, the mismatches were analyzed and a nonconsensus sequence of allele 14 at the VWA locus in the mother – child
pair was identified. Different sequence variants were also detected in 16-16 homozygote alleles at the D3S1358 locus
in the child.
Conclusions: MPS helped to formulate a definite conclusion regarding the paternity of the defendant and provided full
information on intra-allelic polymorphism.
Key words: DNA, paternity testing, MiSeq FGx™, intra-allelic polymorphism.
Pełna wersja w .pdf
Print
