Beata Markiewicz-Knyziak, Maciej Jędrzejczyk, Katarzyna Bąbol-Pokora, Rafał Wojtkiewicz, Renata Jacewicz
Analiza ojcostwa oparta na układzie NGM SElect w Pracowni Genetyki Medycznej i Sądowej Zakładu Medycyny Sądowej Uniwersytetu Medycznego w Łodzi
Paternity analysis based on NGM SElect system in the Medical and Forensic Genetics Laboratory, Department of Forensic Medicine, Medical University of Lodz
Katedra i Zakład Medycyny Sądowej, Uniwersytet Medyczny w Łodzi, Łódź, Polska
Department of Forensic Medicine, Medical University of Lodz, Lodz, Poland
Streszczenie
Celem niniejszej pracy była ocena przydatności multipleksowego zestawu NGM SElect do analizy ojcostwa w populacji centralnej Polski oraz jego porównanie z systemem IDENTIFILER. Materiał do badań stanowiły wymazy z jamy ustnej pobrane od osób, które zgłosiły się do Pracowni Genetyki Medycznej i Sądowej w Łodzi. Oceniano sprawy z wykluczeniem oraz potwierdzeniem ojcostwa z lat 2010–2014. Izolację DNA wykonano za pomocą zestawu Swab (A&A Biotechnology) zgodnie z protokołem producenta. Amplifikację DNA przeprowadzono z użyciem zestawu multipleksowego AmpFℓSTR® NGM SElectTM PCR Amplification Kit (Life Technologies). Produkty PCR poddano rozdziałowi metodą elektroforezy ka- pilarnej w sekwenatorze 3500 HID Genetic Analyzer. W analizowanych sprawach z potwierdzeniem ojcostwa w systemie NGM SElect maksymalna wartość PI = 3,9 × 1012 , co odpowiada prawdopodobieństwu ojcostwa 99,9999999999%, a w systemie IDENTIFILER wynosiła 6,0 × 1010 (W = 99,99999999%). Zestawem NGM SElect nie udało się rozstrzygnąć tylko 1 z 450 spraw, co stanowi 0,2% wszystkich przebadanych przypadków. Najsilniejszy dowodowo w dochodzeniu ojcostwa w stosunku do pozostałych układów wchodzących w skład zestawu NGM SElect okazał się układ SE33 (ACTBP2).
Słowa kluczowe: AmpFℓSTR® NGMSElect TM , analiza ojcostwa, zestaw multipleksowy.
Abstract
The aim of the study was to evaluate the usefulness of the NGM SElect multiplex kit for paternity testing in the population of central Poland, and compare it with the IDENTIFILER system. The study material consisted of buccal swabs taken from individuals who reported to the Medical and Forensic Genetics Laboratory in Lodz. Samples from 450 trio cases of disputed paternity carried out in 2010–2014 were investigated. Genomic DNA was extracted from buccal swabs collected from 1,350 individuals using the Swab kit (A&A Biotechnology) according to the manufacturer’s protocol. DNA amplification was performed using the AmpFℓSTR® NGM SElect TM PCR Amplification Kit (Life Technologies). PCR products were separated by capillary electrophoresis using HID 3500 Genetic Analyzer. In the analyzed cases with paternity confirmation in the NGM SElect system, the maximum value of PI was 3.9 × 1012, which corresponds to the probability of paternity W = 99.9999999999%. It was thus significantly higher than analogical parameters obtained in the IDENTIFILER system (PI = 6.0 × 1010 , W = 99.99999999%). The NGM SElect kit was unable to resolve just one case out of 450, which represents only 0.2% of all analyzed disputed paternity cases. The study showed the SE33 (ACTBP2) locus to have the highest evidence value in paternity analysis out of all investigated autosomal STRs.
Key words: AmpFℓSTR® NGMSElect TM , paternity analysis, multiplex kit