Częstość alleli systemów STR: D13S317, D7S820 i D16S539 w populacji Polski Południowej
Allele frequencies of STR: D13S317, D7S820 and D16S539 systems in the South Poland population
* Z Katedry Medycyny Sądowej CM UJ w Krakowie
Kierownik: prof. dr hab. B. Turowska
**Z Katedry Chorób Wewnętrznych CM UJ w Krakowie
Kierownik: prof. dr hab. A. Szczeklik
Badanie systemów STR: D13S317, D7S820 i D16S539 wykonano izolując DNA z 298 próbek krwi. Amplifikację prowadzono przy zastosowaniu zestawu Silver STRTM Multiplex firmy Promega. W locus D13S317 wykazano w badanej populacji 8 alleli (najczęstszy 11), w locus D7S820 - 9 alleli (najczęstszy 10) a w locus D16S539 - 6 alleli (najczęściej występujący allel 12). Obliczone parametry ME, DP, PE, PM, PIC i HE wskazują na dużą praktyczną przydatność 3 badanych systemów w medycynie sądowe
DNA was isolated from 298 blood samples of unrelated individuals of the Southern Polish population. Using the commercialed Silver STRTM Multiplex - Promega kit the amplification was performed. The most frequent allele of the D13S317 was 11, of the D7S820 was 10 and of the D16S539 locus - allele 12. Statistical parameters ME, DP, PE, PM, PIC and HE showed that the examined STR systems are useful in forensic medicine.
Słowa kluczowe: PCR, STR: D13S317, D7S820, D16S539, częstość alleli.
Key words: PCR, STR: D13S317, D7S820, D16S539, allele frequencies.
Truizmem byłoby pisać, że warunkiem koniecznym przy wprowadzaniu do praktyki sądowo-lekarskiej nowych systemów genetycznie uwarunkowanych jest nie tylko sprawdzenie stosowanej metody lecz również opracowanie uzyskanych wyników badań w zakresie częstości występowania poszczególnych alleli w danej populacji.
W niniejszym doniesieniu przedkładamy wyniki dotyczące 3 STR systemów tj. D13S317, D7S820 i D16S539.
MATERIAŁ I METODYKA
Badaniami objęto 298 próbek krwi, pochodzących od osób dorosłych, zgłaszających się do Katedry Medycyny Sądowej w Krakowie z rejonu Polski Południowej, w sprawach o dochodzenie spornego ojcostwa. Były to osoby nie spokrewnione, obojga płci.
Po wyizolowaniu DNA metodą nie enzymatyczną (4) przeprowadzono dla badanych systemów jednoczesną amplifikację używając zestawu Silver STRTM Multiplex firmy Promega. Produkty amplifikacji rozdzielano na 6% żelach poliakrylamidowych stosując aparat S.A.32 firmy BRL. Do detekcji alleli stosowano metodę srebrzenia.
Uzyskane wyniki poddano analizie statystycznej (1, 2, 3, 5).
Homogenność populacji była testowana przy użyciu komputerowego programu opracowanego przez G. Carmody (Carleton University, Ottawa, Canada).
WYNIKI I OMÓWIENIE
W tabelach I-IV przedstawiono częstości występowania alleli dla 3 badanych systemów oraz fenotypy analizowanych loci dla ludności zamieszkującej region Polski Południowej . Odchylenia od prawa Hardy-Weinberga nie stwierdzono ani przy obliczeniach pojedynczych loci ani też przy ich kombinacji.
Tabela I. Częstość alleli w systemie : D13S317, D7S820 i D16S539 w populacji Polski Południowej.
Table I. Allele frequency distribution for systems D13S317, D7S820 and D16S539 in the Southern Polish population.
|
Allele |
D13S317 |
D7S820 |
D16S539 |
|||
|
N |
Częstość Frequency |
N |
Częstość Frequency |
N |
Częstość Frequency |
|
|
6 |
1 |
0,003 |
- |
- |
||
|
7 |
- |
- |
7 |
0,023 |
- |
- |
|
8 |
40 |
0,134 |
46 |
0,154 |
- |
- |
|
9 |
28 |
0,094 |
40 |
0,134 |
30 |
0,101 |
|
10 |
8 |
0,027 |
89 |
0299 |
28 |
0,094 |
|
11 |
104 |
0,349 |
63 |
0,211 |
91 |
0,305 |
|
12 |
74 |
0,248 |
36 |
0,121 |
92 |
0,309 |
|
13 |
26 |
0,087 |
15 |
0,050 |
51 |
0,171 |
|
14 |
17 |
0,057 |
1 |
0,003 |
6 |
0,020 |
|
15 |
1 |
0,003 |
- |
- |
||
W locus D13S317 najczęściej występującymi allelami są 11 (34,9%) i 12 ((24,8%), w locus D7S820 najczęstszymi allelami są 10 (29,9%) i 11 (21,1%) a w locus D16S539 allel 12 (30.9%) i 11 (30,5%). Obliczone wartości heterozygotyczności (HE) w badanej populacji wynoszą dla układu D13S317 - 0,7785, D7S820 - 0,8188 a dla D16S539 - 0,7785. Teoretyczne wartości oczekiwanych heterozygot dla badanych układów są odpowiednio 0,7628 - 0,8066 - 0,7628. Uzyskane wyniki obliczeń statystycznych świadczą więc o tym, że badana populacja stanowi próbę losową a metody są prawidłowo stosowane.
Tabela V zawiera informacje dotyczące niektórych parametrów statystycznych o przydatności badanych systemów STR w medycynie sądowej a mianowicie: szansę wykluczenia ojcostwa (ME), współczynnik dyskryminacji (DP), siłę wykluczenia ojcostwa (PE), prawdopodobieństwo przypadkowej zgodności (PM) oraz zawartość informacji genetycznej (PIC). Wartości tych obliczeń wskazują na dużą przydatność 3 badanych wysoce polimorficznych systemów w badaniach genetycznych przy rozwiązywaniu różnych problemów w medycynie sądowej.
Tabela II. Częstości fenotypowe w systemie D13S317.
Table II. Phenotype frequency distribution for system D13S317.
|
Fenotyp Phenotype |
N |
Częstość Frequency |
|
8/8 |
4 |
0,027 |
|
8/9 |
3 |
0,020 |
|
8/10 |
2 |
0,013 |
|
8/11 |
14 |
0,094 |
|
8/12 |
8 |
0,054 |
|
8/13 |
3 |
0,020 |
|
8/14 |
2 |
0,013 |
|
9/9 |
1 |
0,007 |
|
9/10 |
1 |
0,007 |
|
9/11 |
10 |
0,067 |
|
9/12 |
8 |
0,054 |
|
9/13 |
2 |
0,013 |
|
9/14 |
2 |
0.013 |
|
10/11 |
2 |
0,013 |
|
10/12 |
2 |
0,013 |
|
10/14 |
1 |
0,007 |
|
11/11 |
18 |
0,121 |
|
11/12 |
26 |
0,175 |
|
11/13 |
9 |
0,060 |
|
11/14 |
7 |
0,047 |
|
12/12 |
9 |
0,060 |
|
12/13 |
9 |
0.060 |
|
12/14 |
3 |
0,020 |
|
13/13 |
1 |
0,007 |
|
13/14 |
1 |
0.007 |
|
14/15 |
1 |
0,007 |
Tabela III. Częstości fenotypowe w systemie D7S820.
Table III. Fhenotype frequency distribution for system D7S820.
|
Fenotyp Phenotype |
N |
Częstość Frequency |
|
6/7 |
1 |
0,007 |
|
7/8 |
1 |
0,007 |
|
7/10 |
4 |
0,027 |
|
7/11 |
1 |
0,007 |
|
8/9 |
3 |
0,020 |
|
8/10 |
18 |
0,121 |
|
8/11 |
12 |
0,081 |
|
8/12 |
8 |
0,054 |
|
8/13 |
4 |
0,027 |
|
9/9 |
7 |
0,047 |
|
9/10 |
12 |
0,081 |
|
9/11 |
7 |
0,047 |
|
9/12 |
4 |
0,027 |
|
10/10 |
11 |
0,074 |
|
10/11 |
16 |
0,107 |
|
10/12 |
12 |
0,081 |
|
10/13 |
5 |
0,034 |
|
11/11 |
8 |
0,054 |
|
11/12 |
7 |
0,047 |
|
11/13 |
3 |
0,020 |
|
11/14 |
1 |
0,007 |
|
12/12 |
1 |
0,007 |
|
12/13 |
3 |
0,020 |
Tabela IV. Częstości fenotypowe w systemie D16S539.
Table IV. Phenotype frequency distribution for system D16S539.
|
Fenotyp Phenotype |
N |
Częstość Frequency |
|
9/9 |
3 |
0,020 |
|
9/10 |
4 |
0,027 |
|
9/11 |
4 |
0,027 |
|
9/12 |
12 |
0,081 |
|
9/13 |
3 |
0,020 |
|
9/14 |
1 |
0,007 |
|
10/10 |
1 |
0,007 |
|
10/11 |
12 |
0,081 |
|
10/12 |
4 |
0,027 |
|
10/13 |
4 |
0,027 |
|
10/14 |
2 |
0,013 |
|
Ciąg dalszy tabeli IV. |
||
|
11/11 |
11 |
0,074 |
|
11/12 |
33 |
0,221 |
|
11/13 |
18 |
0,121 |
|
11/14 |
2 |
0,013 |
|
12/12 |
13 |
0,087 |
|
12/13 |
16 |
0,107 |
|
12/14 |
1 |
0,007 |
|
13/13 |
5 |
0,034 |
Tabela V. Parametry przydatności systemów D16S539, D7S820 i D13S317 w medycynie sądowej.
Table V. Statistical parameters of the usefulness of D16S539, D7S820 and D13S317 in forensic medicine.
|
SYSTEM |
ME |
DP |
PE |
PM |
PIC |
|
D16S539 |
0,5003 |
0,9063 |
0,5900 |
0,3466 |
0,7253 |
|
D7S820 |
0,5663 |
0,9362 |
0,6572 |
0,3548 |
0,7802 |
|
D13S317 |
0,5314 |
0,9206 |
0,6181 |
0,3521 |
0,7480 |
|
ŁĄCZNIE TOTAL |
0,898445 |
0,999525 |
0,946325 |
0,726862 |
PIŚMIENNICTWO
1. Brenner C., Morris J.: Paternity index calculations in single locus hypervariable DNA probes : validation and other studies. In : Proceedings of the international symposium on human identification 1989. Promega. Corporation, Madison. 1990, 21-53 -2. Fisher R.A. : Standard calculations for evaluating a blood group system. Heredity. 1951, 5, 95-102 -3. Kruger J., Fuhrmann W., Lichte K.H., Steffens C.: Zur Verwendung des Polymorphismus der sauren Erythrocytenphosphatase bei der Vaterschafts-begutachtung. Dtsch. Z. Gerichtl. Med. 1968, 64, 127-146 -4. Lahiri D.K., Bye S., Numberger J.I., Hodes M.E., Crisp M. : A non-organic and non-enzymatic extraction method gives higher yields of genomic DNA from whole blood samples than do nine other methods tested. J. Biochem. Biophys. Methods. 1992, 25, 193-205 -5. Ott J.: Analysis of human genetic linkage. Johns Hopkins University Press, 1991.
Adres autora:
Katedra Medycyny Sądowej CM UJ
31-531 Kraków
ul. Grzegórzecka 16.